En Puerto Rico, los jugadores asumen el papel de gobernadores coloniales en la isla de Puerto Rico. El objetivo del juego es acumular puntos de victoria enviando mercancías a Europa o construyendo edificios.

Cada jugador utiliza un tablero individual pequeño con espacios para edificios de la ciudad, plantaciones y recursos. Compartidos entre los jugadores hay tres barcos, una casa de contratación y una reserva de recursos y doblones.

El ciclo de recursos del juego consiste en que los jugadores cultivan productos que intercambian por puntos o doblones. Los doblones pueden usarse después para comprar edificios, que permiten a los jugadores producir más cultivos u otorgan otras habilidades. Los edificios y las plantaciones no funcionan a menos que estén ocupados por colonos.

Durante cada ronda, los jugadores se turnan para seleccionar una carta de rol de las que hay sobre la mesa (como "Comerciante" o "Constructor"). Cuando se elige un rol, cada jugador puede realizar la acción correspondiente a dicho rol. El jugador que seleccionó el rol también recibe un pequeño privilegio por hacerlo; por ejemplo, elegir el rol de "Constructor" permite a todos los jugadores construir un edificio, pero el jugador que eligió el rol puede hacerlo con un descuento en ese turno. Los roles no utilizados obtienen un bono de doblones al final de cada turno, por lo que el siguiente jugador que elija ese rol se queda con cualquier bono de doblones asociado a él. Esto incentiva a los jugadores a utilizar todos los roles a lo largo del transcurso habitual de una partida.

Puerto Rico utiliza una mecánica de orden de fase variable en la que una ficha de "gobernador" se pasa en el sentido de las agujas del reloj al siguiente jugador al concluir un turno. El jugador con la ficha comienza la ronda eligiendo un rol y realizando la primera acción.

Los jugadores ganan puntos de victoria por poseer edificios, por enviar mercancías y por los "edificios grandes" ocupados. Las fichas de envío acumuladas por cada jugador se mantienen boca abajo y vienen en denominaciones de uno o cinco. Esto evita que los demás jugadores puedan determinar la puntuación exacta de otro jugador. Las mercancías y los doblones se colocan a la vista de los demás jugadores y cualquier jugador puede solicitar los totales de cada uno en cualquier momento. A medida que el juego entra en sus etapas finales, la cantidad desconocida de fichas de envío y sus denominaciones obligan a los jugadores a considerar sus opciones antes de elegir un rol que pueda poner fin a la partida.

En 2011 y mayoritariamente a partir de entonces, Puerto Rico se publicó incluyendo tanto Puerto Rico: Expansion I – New Buildings como Puerto Rico: Expansion II – The Nobles. Estas versiones se incluyen en la otra entrada del juego Puerto Rico, no en esta entrada de juego regular para Puerto Rico. Algunas ediciones de Puerto Rico indican que el número de jugadores es de 2 a 5 en lugar de 3 a 5, e incluyen reglas variantes para partidas de solo dos jugadores.