San Juan es un juego de cartas basado en Puerto Rico. El mazo de 110 cartas se compone de edificios de producción (añil, azúcar, tabaco, café y plata) y edificios "violetas" que otorgan poderes especiales o puntos de victoria adicionales. Las cartas de la mano pueden construirse o usarse como dinero para construir otra cosa; las cartas del mazo se utilizan para representar las mercancías producidas por los edificios de producción, en cuyo caso se dejan boca abajo. Se aplica un límite de mano de siete cartas una vez por ronda.

En cada ronda (o mandato), cada jugador elige por turnos uno de los roles disponibles, lo que activa un evento que suele afectar a todos los jugadores, como producir mercancías o construir edificios. La persona que elige el rol obtiene un privilegio, como producir más mercancías o construir de forma más barata.

Aunque su concepto es similar al de Puerto Rico, el juego tiene mecánicas muy diferentes. En concreto, el juego no incluye colonos ni envío de mercancías; la producción y el comercio de mercancías suelen limitarse a una carta por fase; y el comercio no se puede bloquear. Los puntos de victoria se obtienen exclusivamente mediante la construcción, y la partida termina en cuanto un jugador ha levantado doce edificios.