En Yggdrasil Chronicles, cada jugador asume el papel de un dios nórdico e intenta evitar que las fuerzas del mal devasten los nueve mundos, destruyan el árbol del mundo Yggdrasil, y sobrevivir al inicio del Ragnarök.

Para la preparación, cada jugador toma uno de los siete dioses nórdicos, de 5 a 9 puntos de vida (según el número de jugadores) y un conjunto de cartas que muestran a los seis enemigos que están atacando los nueve mundos; barajas estas cartas de enemigo y las colocas a tu lado. Estos nueve mundos están representados en un tablero de juego en 3D de tres niveles, el cual cuenta con espacios para cartas de artefacto, cartas de criatura, peones de héroe, peones de elfo, peones anónimos y más. Cada nivel del tablero representa tres mundos, y el tablero intermedio gira.

Al comienzo de una ronda, cada jugador coloca la carta superior de su mazo de enemigos en la "Rueda de los Enemigos". Los jugadores pueden turnarse en cualquier orden. En el turno de un jugador, este primero revela su carta de enemigo. Si es la primera aparición de este enemigo en esta ronda, el jugador continúa con su turno; si no, el enemigo se activa, desplazándose normalmente a un mundo diferente para luego realizar alguna acción. Si el enemigo no puede moverse, por ejemplo, si se supone que Surt debe subir un nivel pero ya está en el nivel superior, pierdes la partida. Si el enemigo no puede realizar su acción, por ejemplo, si Loki necesita colocar un peón de Iotunn pero no queda ninguno en Iotunheim, pierdes la partida.

Aunque normalmente esperas evitar duplicar a un enemigo, querrás que Nidhögg aparezca por duplicado, ya que este enemigo comienza en el espacio situado más a la izquierda de tu libro de sagas, y si Nidhögg avanza hasta el icono del árbol, ganas la partida. (Nidhögg también puede activar efectos al moverse a una nueva ubicación).

Si un enemigo se mueve al lugar donde se encuentra otro enemigo, ese mundo queda devastado y no se puede realizar ninguna acción allí, excepto curar el árbol del mundo.

Tanto si un enemigo se activa como si no, puedes moverte —ya sea a un mundo diferente en el mismo nivel o a un nivel diferente por encima o por debajo de tu ubicación actual— y luego actuar, ya sea realizando la acción del mundo en el que te encuentras ahora o luchando. Como dios poderoso que eres, siempre ganas los combates, pero sufres "riesgos" equivalentes a la fuerza del enemigo. Puedes sacrificar héroes en Valhalla para eliminar riesgos o realizar tiradas de salvación con dados, posiblemente con la ayuda de un elfo, pero cada riesgo que no evites te costará 1 punto de vida; y si algún dios se queda sin puntos de vida, pierdes la partida.

En cuanto a la realización de acciones de mundo, puedes recolectar elfos, héroes, cartas de artefacto; eliminar a los esbirros anónimos de Hel o a los gigantes de fuego de Surt; o recibir ayuda de criaturas del mundo. Si otro dios se encuentra en ese mundo, tu acción mejora; si un enemigo se encuentra en ese mundo, tu acción se penaliza.

Además del juego base, puedes jugar a Yggdrasil Chronicles en el modo difícil, que aumenta el desafío de la partida a la vez que otorga a cada dios poderes únicos. El juego también incluye una "campaña de Ragnarök" de seis sagas que comienza con el asesinato de Baldr y continúa a partir de ahí.