En Underwater Cities, que dura unos 30-45 minutos por jugador, los jugadores representan a las mentes más brillantes del mundo, seleccionadas debido a la sobrepoblación de la Tierra para establecer las mejores y más habitables zonas submarinas posibles.

El principio fundamental del juego es la colocación de cartas. Se colocan cartas de tres colores a lo largo del borde del tablero principal en espacios de 3 x 5, que también están coloreados. Lo ideal es que los jugadores coloquen las cartas en espacios del mismo color. De este modo, pueden realizar tanto la acción como el beneficio: la acción representada en el espacio del tablero principal y también el beneficio de la carta. Las acciones y beneficios permiten a los jugadores obtener materias primas; construir y mejorar cúpulas de ciudades, túneles y edificios de producción como granjas, desalinizadoras y laboratorios en su zona submarina personal; mover su marcador en el medidor de iniciativa (importante para el orden de turno en la siguiente ronda); activar sus "cartas A"; y conseguir cartas, tanto especiales como básicas, que permiten mejores posibilidades de decisión durante la partida.

Las casi 220 cartas —ya sean especiales o básicas— se dividen en cinco tipos según su forma y momento de uso. Los tableros de zona submarina son de doble cara, lo que ofrece a los jugadores muchas oportunidades de conseguir PV y alzarse finalmente con la victoria.