En los confines más remotos del mundo, la magia aún existe, encarnada por los espíritus de la tierra, del cielo y de cada elemento natural. A medida que las grandes potencias de Europa extienden sus imperios coloniales cada vez más lejos, inevitablemente reclamarán un lugar donde los espíritus aún conservan su poder; y cuando lo hagan, la propia tierra luchará junto a los isleños que habitan en ella.

Spirit Island es un juego cooperativo complejo y temático sobre la defensa de tu hogar insular frente a los Invasores colonizadores. Los jugadores representan a diferentes espíritus de la tierra, cada uno con sus propios poderes elementales únicos. En cada turno, los jugadores eligen simultáneamente qué cartas de poder jugar, pagando energía para ello. El uso de combinaciones de cartas de poder que coincidan con las afinidades elementales de un espíritu puede otorgar efectos de bonificación gratuitos. Los poderes más rápidos surten efecto de inmediato, antes de que los Invasores se extiendan y asolen la tierra, pero otras magias son más lentas y requieren previsión y planificación para usarse con eficacia. En la fase de Espíritu, los espíritus obtienen energía y eligen cómo o si quieren Crecer: para recuperar cartas de poder usadas, buscar nuevos poderes o extender su presencia a nuevas zonas de la isla.

Los Invasores se expanden por el mapa de la isla de forma semipredecible. Cada turno exploran algunas tierras (partes de la isla); al turno siguiente, construyen en esas tierras, formando pueblos y ciudades. Al turno posterior, asolan el lugar, provocando plaga en la tierra y atacando a cualquier isleño nativo que esté presente. Los isleños contraatacan a los Invasores cuando son atacados y prestan otras ayudas a los espíritus, aunque no siempre lo hagan exactamente como se esperaba. Algunos Poderes funcionan a través de los isleños, ayudándoles, por ejemplo, a expulsar a los Invasores o a limpiar la tierra de la plaga.

El juego se intensifica a medida que avanza: los espíritus extienden su presencia a nuevas partes de la isla y buscan poderes nuevos y más potentes, mientras que los Invasores intensifican sus esfuerzos de colonización. Cada turno representa de 1 a 3 años de historia alternativa. Al comienzo de la partida, para ganar es necesario destruir hasta el último explorador, pueblo y ciudad del tablero; pero a medida que aterrorizas más y más a los Invasores, la victoria se vuelve más sencilla: huirán incluso si quedan exploradores o incluso pueblos y ciudades. La derrota llega si algún espíritu es destruido, si la isla se ve desbordada por la plaga o si el mazo de Invasores se agota antes de lograr la victoria.

El juego incluye diferentes adversarios contra los que luchar (por ejemplo, una Colonia Minera Sueca o una Colonia Británica Remota). Cada uno cambia la partida de distintas formas y ofrece una ruta diferente de aumentos de dificultad para mantener el desafío a medida que mejoras tu habilidad.