Un agente secreto de A.R.K. se ha infiltrado en una instalación de alto secreto de Raxxon, intentando completar tres objetivos de misión antes de escapar, pero es perseguido por Cazadores de Raxxon modificados genéticamente. Los jugadores pueden elegir a qué bando desean unirse.

Specter Ops es un juego de ciencia ficción y operaciones de sigilo de movimiento oculto similar a Scotland Yard. Los jugadores intentan localizar/capturar a un misterioso agente, quien registra sus movimientos sigilosos a través de un mapa privado. Los otros jugadores toman el control de personajes únicos que deben usar su ingenio, habilidades y tecnología para ayudarlos a cazar a este infiltrado. Objetos como granadas cegadoras, escáneres y similares están a disposición de este agente encubierto.