La línea Tōkaidō del Shinkansen comenzó a construirse en 1959 con el objetivo de inaugurar el tren más rápido de la época, justo antes de los Juegos Olímpicos de Tokio de 1964.

En Shinkansen: Zero Kei, los jugadores asumen el papel de sus constructores. Se encargarán de construir esta histórica línea ferroviaria y todas sus estaciones correspondientes. También podrán ayudar a las sedes olímpicas en su preparación para los Juegos. El jugador que demuestre ser el más eficiente en su labor será proclamado ganador.

En cada ronda de una partida de Shinkansen, construirás tu propio tren bala; cada carta de vagón que añadas a tu tren te proporcionará una acción o una habilidad. Estas acciones te permitirán principalmente construir vías y estaciones, colaborar en la preparación de las sedes olímpicas y obtener nuevas cartas de vagón. Las cartas de vagón están asociadas a ciudades por las que pasa la línea. Si logras construirlas en el orden correcto, recibirás puntos de victoria como recompensa. Tras cinco rondas, correspondientes a los cinco años de construcción de la línea, el jugador con más puntos de victoria gana.