En RISK G.I. JOE: Special Missions, de 2 a 4 jugadores se unen a una de dos facciones —G.I. Joe o Cobra— y buscan completar misiones o resolver conspiraciones en un esfuerzo por obtener la mayor cantidad de puntos de objetivo (PO) después de tres rondas de juego.

Uno de los cinco escenarios principales guía la acción, provocando que estallen conflictos en puntos críticos de todo el mundo. El juego incluye múltiples tipos de unidades —GIs, Skystrikers, Wolverines, Cobra Troopers, Rattlers y H.I.S.S.— con movimiento, iniciativa y bonificaciones de batalla variables, y las unidades derrotadas en combate solo se pierden temporalmente, volviendo al juego con el tiempo. Las cartas de acción crean nuevas vías para mover y obtener unidades que no están presentes en el juego tradicional, y las cartas de escenario y de objetivo influirán en la estrategia de los jugadores.