Pixel Tactics es un juego de combate táctico cara a cara para dos jugadores. Cada jugador cuenta con un mazo idéntico de 25 cartas, del cual eligen a un líder. Las habilidades del líder alteran enormemente la estrategia y la jugabilidad de todas las demás cartas del mazo, haciendo que el juego se pueda jugar de 25 maneras diferentes.

En el juego, los jugadores se turnan para colocar cartas y atacar. Cada carta puede activarse de varias formas, adoptando capacidades ofensivas en las filas delanteras de la unidad o poderes de apoyo en las filas traseras. Las cartas también se pueden jugar como órdenes: poderosos efectos de un solo uso que pueden cambiar el rumbo de la batalla.

La partida continúa hasta que el líder de cualquiera de los jugadores sea derrotado. Una partida típica se juega al mejor de tres o cinco rondas.

Pixel Tactics se ambienta en el mismo mundo y utiliza muchos de los personajes de BattleCON: War of Indines de Level 99 Games, pero su sistema de juego no tiene ninguna relación.