El modo principal de Nemesis: Aftermath es el Epilogue Mode, una partida corta (45-60 min) de 5 turnos que se juega después de una partida normal. Al comienzo de este Epilogue, ha pasado una cantidad de tiempo indeterminada desde los eventos ocurridos en el juego base de Nemesis. Los jugadores utilizan Characters (que no han participado en el juego base) que entran en la Nemesis para investigar. La nave muestra muchas cicatrices de sus tribulaciones pasadas, por lo que cualquier resto de tu partida anterior tendrá efectos en tu partida de Epilogue.

Una partida de Epilogue es mucho más corta que una partida normal de Nemesis, pero es más difícil y ofrece una experiencia de juego muy dinámica. En lugar de Objectives, los