Al igual que en el juego digital original de Minecraft, en Minecraft: Builders & Biomes los jugadores exploran el Overworld, construyen estructuras y extraen recursos, ganando puntos por las estructuras y por los biomas conectados más grandes de casillas de bosque, desierto, montaña o tundra nevada en sus tableros de jugador.

Enemigos conocidos como Endermen, Creepers y otros mobs también aparecen a lo largo de la partida, y deben ser derrotados usando armas recolectadas del tablero. Derrotar mobs otorga puntos a los jugadores, además de conceder recompensas adicionales. La puntuación de la partida se produce a medida que se agotan las capas del cubo de recursos. Tan pronto como se agota la tercera capa, la aventura llega a su fin y gana el constructor con más puntos.

La puntuación se realiza tres veces durante la partida, específicamente después de retirar el último bloque del primer, segundo y tercer nivel del cubo de bloques de construcción. En la primera ronda, eliges uno de los cuatro biomas (bosque, desierto, montañas o tundra nevada) y puntúas por la zona conectada más grande de este bioma en tu tablero de construcción personal. El tablero viene preimpreso con casillas de bioma y, a medida que colocas edificios en este tablero, puedes alterar el bioma de una casilla. En la segunda ronda, eliges uno de los materiales (madera, arena, piedra u obsidiana) y puntúas por el grupo conectado más grande de estructuras en tu tablero de construcción personal que estén hechas de este material. En la tercera ronda, puntúas por el grupo contiguo más grande de estructuras (decoración, vivienda, casa de animales o puente) de tu elección en tu tablero. Después de puntuar en la tercera ronda, suma los puntos de bonificación de los mobs que hayas recolectado.