En Merchants of Amsterdam, los jugadores intentan conseguir la primera o segunda posición por mayorías en diversas categorías a lo largo de la partida. Estas incluyen mercados de materias primas, colonias comerciales y almacenes en Ámsterdam.

En su turno, el jugador roba tres cartas y decide cómo resolverlas. Puede retirar la carta de la partida, quedársela para sí mismo o sacarla a subasta. Las cartas permiten a los jugadores avanzar o colocar uno de sus marcadores en las distintas categorías.

También hay cartas de marcador de tiempo que, al robarse, hacen avanzar la partida a través de varias fases "históricas" hasta la última, que pone fin al juego. Las fases históricas siguen un período de la historia de Ámsterdam que puede abarcar desde no tener ningún efecto, pasando por rondas de puntuación para categorías concretas y bonificaciones, hasta algunas penalizaciones hacia el final de la partida, a medida que las guerras comienzan a perturbar los mercados comerciales.

El giro único del juego es que incluye un reloj de subasta accionado por resorte para llevar a cabo las subastas holandesas a lo largo de la partida. Se pone en marcha el reloj y este hace una cuenta atrás mientras todos los jugadores mantienen sus manos listas y cerca. La idea es que, a medida que pasa el tiempo, el coste de la carta disminuye y es simplemente una cuestión de quién pagará primero por ella golpeando el reloj y deteniéndolo así en un precio determinado.