Tras una trágica operación de superhéroes que resultó en numerosas bajas, se ratificó el Superhuman Registration Act, obligando a los héroes a revelar sus identidades secretas y a someterse a la supervisión del gobierno. Iron Man estuvo de acuerdo con la medida y reunió a su alrededor a un equipo de héroes Pro-Registration para hacerla cumplir. Captain America, por otro lado, sintió que los héroes debían estar por encima del control directo del gobierno. Otros héroes Anti-Registration se unieron a él, convirtiéndose en forajidos y formando los Secret Avengers. Inevitablemente, estalló un violento conflicto entre ambos bandos y ahora los villanos se mantienen al margen mientras los héroes, antaño aliados, se enfrentan entre sí en una Civil War sin cuartel.

¡Esta expansión ofrece una forma totalmente nueva de jugar a Marvel United! Los modos de juego de Civil War lo convierten en un verdadero juego de Player vs Player, en el que dos equipos de héroes se enfrentan entre sí, sin ningún villano a la vista. Con un elenco de héroes de ambos lados del conflicto de registro, esta expansión ofrece dos formas para que los jugadores luchen entre sí: el más informal Clash of Heroes, o el más competitivo, asimétrico y temático Registration Clash. ¿Qué equipo elegirás?