El 11 de julio de 1899 a las 10:00 a. m., el Union Pacific Express ha salido de Folsom, Nuevo México, con 47 pasajeros a bordo. Tras unos minutos, se oyen disparos y pasos apresurados sobre el techo. Bandidos fuertemente armados han venido a robar a ciudadanos honrados sus carteras y joyas. ¿Lograrán robar el maletín que contiene la paga semanal de la Nice Valley Coal Company, a pesar de estar bajo la supervisión del Marshal Samuel Ford? ¿Se estorbarán estos bandidos más entre ellos que el propio Marshal, dado que solo el más rico podrá alzarse con la victoria?

En Colt Express, interpretas a un bandido que asalta un tren al mismo tiempo que otros bandidos, y tu objetivo es convertirte en el forajido más rico del Lejano Oeste. El juego consta de cinco rondas, y cada ronda tiene dos fases:

Fase 1: Planificación. Cada jugador juega de 2 a 5 cartas de acción en un mazo común, con las cartas boca arriba o boca abajo según el tipo de ronda. En lugar de jugar una carta, un jugador puede robar tres cartas de su mazo.

Fase 2: Acción. Las cartas de acción se ejecutan en el orden en que fueron jugadas, ¡y es posible que los planes mejor trazados de un jugador no salgan bien debido a errores y descuidos!

El juego se desarrolla en un tren en 3D en el que los bandidos pueden moverse de un vagón a otro, correr por el techo, golpear a otros bandidos, dispararles, robar a los pasajeros o alejar al Marshal de su posición. El tren tiene tantos vagones como número de jugadores, y cada vagón se prepara con gemas, bolsas de botín o maletines al comienzo de la partida.

Cada jugador comienza una ronda con seis cartas en la mano, y cada carta muestra una de estas acciones. Al principio de una ronda, se revela una carta de ronda que indica cuántas cartas se jugarán; si se jugarán boca arriba o boca abajo, o de forma individual o por parejas; y qué acción ocurrirá al final de la ronda (por ejemplo, todos los bandidos que estén sobre el tren se mueven a la locomotora). Solo puedes recoger botín, gemas o maletines jugando una carta de "robo" cuando estés en un vagón que contenga uno de estos objetos; pero como todo el mundo planea hacerse con estos bienes, tendrás que moverte, golpear y disparar para quitar a los demás de tu camino. Solo puedes golpear a alguien que esté en tu mismo vagón y, cuando lo haces, el otro bandido suelta uno de los objetos que ha recogido y es empujado a un vagón adyacente.

El personaje de cada jugador tiene un poder especial, como empezar la ronda con una carta extra, jugar su primera carta boca abajo o embolsarse una bolsa de botín al golpear a alguien en lugar de dejar que caiga al suelo.

Puedes disparar a alguien en un vagón adyacente o (si estás corriendo por el techo del tren) a cualquiera que esté a la vista y, cuando lo haces, le das a ese jugador una de tus seis cartas de bala; esa carta se baraja en el mazo del oponente, lo que posiblemente le dé una carta inútil en la mano en un turno futuro y le obligue a robar en lugar de jugar algo. Si el Marshal termina en el mismo vagón que tú, probablemente porque otros bandidos lo han atraído por el tren, él también estará encantado de darte una bala.

Al final del juego, quien haya disparado más balas recibe un bono de "pistolero" de 1.000 $, ¡y quien haya conseguido el botín más valioso gana!