En Codex Naturalis, debes continuar el trabajo del monje iluminador Tybor Kwelein, reuniendo las páginas de un manuscrito que enumera las especies vivas de los bosques primarios. ¿Podrás organizar las páginas en el mejor orden posible? ¿Y estás preparado para sacrificar una especie para desarrollar tu manuscrito?

En el juego, cada jugador comienza con una sola carta sobre la mesa, una carta que muestra alguna combinación de los cuatro recursos posibles en el centro de la carta, en las esquinas de la misma, o en ambos. Los jugadores también tienen dos cartas de recurso y una carta dorada en la mano, mientras que dos cartas de cada tipo están visibles sobre la mesa.

En un turno, colocas una carta de tu mano solapando las esquinas de una o más cartas que ya tengas en juego. Tu carta inicial tiene cuatro esquinas solapables, mientras que las cartas de recurso y las cartas doradas solo tienen tres.

Las cartas de recurso no tienen coste para ser jugadas y a menudo muestran símbolos de recursos en sus esquinas.

Las cartas doradas otorgan puntos al ser jugadas, pero a menudo tienen un requisito de recursos, por ejemplo, tres hongos o dos plantas/un animal/un insecto, y debes tener esos recursos visibles en tu manuscrito en el momento en que juegas la carta dorada. Obtienes puntos de esta carta inmediatamente; algunas cartas tienen un valor fijo y otras uno variable que depende de cuántos símbolos de un tipo determinado se muestren o de cuántas esquinas hayas cubierto en este turno.

Si lo deseas, puedes jugar una carta de tu mano boca abajo; dicha carta tiene cuatro esquinas y un recurso, pero no otorga puntos. Después de jugar, roba una carta boca arriba o la carta superior de cualquiera de los mazos para reponer tu mano.

Cuando un jugador alcanza los 20 puntos, se completa la ronda y cada jugador realiza un turno adicional. A continuación, los jugadores suman puntos en función de lo bien que hayan cumplido dos cartas de objetivo público y una carta de objetivo secreto, tras lo cual el jugador con más puntos gana.