Estamos a finales del siglo XXVI. La Tierra se está recuperando de una catastrófica explosión que exterminó a la mayor parte de la población hace siglos e hizo que la mayor parte de la superficie fuera inhabitable debido a unas condiciones meteorológicas extremas. Los humanos supervivientes se organizaron en torno a cuatro ideologías radicalmente diferentes, llamadas Sendas, para reconstruir el mundo como mejor les parece: Armonía, Dominación, Progreso y Salvación. Los seguidores de las cuatro Sendas viven en una frágil paz, pero en un aislamiento casi total unos de otros. Su único punto de encuentro es la última gran ciudad de la Tierra, ahora conocida simplemente como la Capital.

Al suministrar energía a las misteriosas Brechas Temporales que se abrieron tras el cataclismo, cada Senda es capaz de retroceder a momentos específicos de su pasado. Hacerlo puede acelerar enormemente su progreso, pero una interferencia excesiva podría poner en peligro el continuo espacio-tiempo. Sin embargo, el progreso es más importante que nunca: si se ha de creer el misterioso mensaje que llega a través de la Brecha Temporal, un cataclismo aún más terrible se vislumbra en el horizonte: un asteroide que transporta una misteriosa sustancia llamada Neutronium se dirige hacia la Tierra. Más extraño aún, los científicos demuestran que la firma energética del asteroide coincide con la de la explosión de hace siglos...

Anachrony presenta un sistema único de colocación de trabajadores de dos niveles. Para viajar a la Capital o aventurarse en las zonas devastadas en busca de recursos, los jugadores no solo necesitan diversos especialistas (ingenieros, científicos, administradores y genios), sino también Exotrajes para protegerlos y potenciarlos, y ambos escasean.

La partida se juega de 4 a 7 turnos, según el momento en que ocurra el inminente cataclismo —a menos que, por supuesto, ¡se logre evitar! Los turnos transcurridos se miden en una línea temporal dinámica. Al suministrar energía a las Brechas Temporales, los jugadores pueden retroceder a turnos anteriores para abastecer de recursos a su "yo" del pasado. Cada Senda tiene un objetivo muy diferente que le otorga una gran cantidad de puntos de victoria cuando se consigue. Los asentamientos de las Sendas sobrevivirán al impacto, pero la Capital no. La Senda que logre reunir la mayor cantidad de puntos se convertirá en la nueva sede de la Capital, y por lo tanto, en la fuerza más importante que quede en el planeta...