Alien Frontiers: Factions añade una serie de elementos al juego base Alien Frontiers:

Fichas de nave y colonia para un quinto jugador.

Facciones (de ahí el nombre), donde cada facción proporciona a su propietario una habilidad especial y nuevas instalaciones orbitales bajo su control.

Agendas, que son objetivos ocultos que permiten a un jugador ganar puntos de bonificación al final de la partida o cuando la agenda se revela durante el juego.

Nuevas cartas de Alien Tech, como el Lunar Tunneler, que permitirá a su propietario pagar un combustible para recibir un mineral adicional al usar la Lunar Mine. El poder de descarte de esta carta enviará todas las naves acopladas en la Lunar Mine al Maintenance Bay, lo que puede ser útil cuando la mina está abarrotada de naves de gran valor.