"San Juan" está inspirado en el famoso juego de mesa de gestión de recursos "Puerto Rico". Se trata de una versión más ligera y rápida del juego, en la que los jugadores usan sus cartas de edificios como fábricas, edificios singulares con poderes especiales, o monedas para pagar el resto de edificios.

Al igual que en "Puerto Rico", los jugadores eligen en su turno qué papel quieren desempeñar durante dicho turno, y gozan de las ventajas de su personaje para sus acciones durante ese turno.